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劉紋君 Wen-Chun, Liu

Wen-Chun,Liu

劉紋君兼任助理教授(Wen-Chun, Liu)

E-mail:graceliu8911@gmail.com

TEL:06-2353535 分機:5405

 

 

Educations / Professional Experience

 

Educations
 

 

 

 
1997-2001

輔仁大學 生物系

 

 
2001-2002

國立成功大學 分子醫學研究所

 

 
2002-2007

國立成功大學 基礎醫學研究所

  

 

Current Position  
  國立成功大學醫學系內科學科 博士後研究員

  

Professional Experience    

 

2019/02- 國立成功大學分子醫學研究所 兼任助理教授

 

2013/08- 國立成功大學醫學系內科學科 博士後研究員

 

2011/08-2013/07 國立成功大學 研究總中心-肝臟醫學生物科技研究中心 研究員

 

2008/08-2011/07 明道大學 生物科技學系 助理教授

 

2007/10-2008/07 國立成功大學醫學系內科學科 博士後研究員

 

Expertise /Research Interests

 

肝炎病毒學、病毒演化學、腫瘤生物學、微生物基因體學、微生物致病機轉

  

 

Research Interests

慢性肝病、肝硬化及肝癌為全國主要死因之一,主要肇因為B型肝炎病毒或C型肝炎病毒感染。因此探討B型及C型肝炎病毒侵入人體機制、病毒演化、疾病進展或治療療效為相當重要之研究議題。隨著生物技術走向了基因高通量分析的時代,我們運用此技術深入了解病毒基因體的變化與突變、探討病毒變異與宿主細胞調控的相互關係,得以進一步評估藥物與治療的施用方式。近年來微生物菌相已被證實與胃腸疾病之關聯性,隨著細菌大數據研究時代來臨,我們將試著建立肝炎病毒-細菌-肝臟網絡,探討微生物與宿主的調控關係,以達到最佳的治療方式。我們的研究主題包含:

1.探討次世代高通量定序所發現之與肝癌相關病毒準株種(NGS defined HCC-associated HBV variants)參與調控DNA修復系統及病毒嵌入於肝癌發展之機轉:

過去我們已利用次世代高通量定序找出與導致肝癌相關的B型肝炎病毒變異位點,並在利用生物晶片分析後,證實部分突變參與DNA修復系統調控。我們將針對此些肝癌相關病毒準株種參與之致癌機制深入探討。此研究之目標: ()探討B型肝炎病毒蛋白如何參與DNA修復反應,從而釐清B型肝炎病毒蛋白參與DNA修復過程的新機制;()探討在B型肝炎病毒感染病患的肝臟組織及血球細胞中,特殊DNA修復機制以及B型肝炎病毒蛋白如何造成基因體不穩定現象。

2. 探討用藥過程中與停藥後,血清中B型肝炎病毒表面蛋白抗原、B型肝炎病毒前基因體RNA(pregenomic RNA)B型肝炎病毒DNA之相互動態,以利於作為藥物治療療效、病患是否痊癒及病患是否復發的指標:

此研究已發現血清中B型肝炎病毒表面蛋白抗原的量可以預測病患痊癒,對於E抗原陽性之病患其表面蛋白抗原< 4(log IU/mL)E抗原陰性之病患其表面蛋白抗原< 2.4(log IU/mL)可預測病患用藥後可達到virological, serological, and biochemical outcomes。此研究也發現前基因體RNA(pregenomic RNA)可作為病毒清除的標的。此研究也將利用次世代高通量定序分析血清中pregenomic RNA的序列表現與分子動態的相關性,進一步探討病患在表面蛋白消失時,pregenomic RNA的表現量以及序列表現,有利於癒後的評估。

3. 探討病患肝組織、糞便及口腔之微生物菌相及其相關因子在肝細胞癌和膽道癌中所扮演的角色並探尋術後復發之生物標的:

此研究將利用次世代定序分析方法探討不同肝癌(肝細胞癌、膽道癌、肝血管瘤)病患肝組織中、糞便中、口腔中微生物菌相,以長期追蹤方式分析其代謝物圖譜、免疫圖譜以及與病毒相互消長機制。建立台灣人種微生物分布資料庫,並探尋術後復發之生物標的。

4.分析C型肝炎病毒全基因體長並探討南台灣地區C型肝炎病毒基因演化狀況與治療療效:

此研究已成功建立C型肝炎病毒基因體全長定序平台,包含傳統定序以及次世代高通量定序技術。目前針對南台灣地區C型肝炎病毒基因型分布進行深入探討,並有一新的基因型被分析鑑定。

 

Patent:

發明名稱:B型肝炎病毒基因序列篩檢肝癌高危險性的方法 (發明第I646198)

 

 

 

Publications

 
 

A. Refereed Papers

  1. Liu WC*, Wu IC, Chiu YC, Tseng KC, Chen CY, Chiu HC, Cheng PN, Chang TT. Genotyping of immune-related loci associated with delayed HBeAg seroconversion in immune-active chronic hepatitis B patients. Antiviral Res. 2020 Jan 28:104719. doi: 10.1016/j.antiviral.2020.104719. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 32004619. 此篇為第一作者。
  2. Lin TC, Liu WC, Hsu YH, Lin JJ, Chiu YC, Chiu HC, Cheng PN, Chen CY, Chang TT, Wu IC. Insulin Resistance Associated Disorders Pivoting Long-Term Hepatitis B Surface Antigen Decline During Entecavir Therapy. J Clin Med. 2019 Nov 6;8(11). pii: E1892. Doi 10.3390/jcm8111892. PubMed PMID: 31698809; PubMed Central PMCID: PMC6912775.
  3. Wu IC, Liu WC*, Chang TT. Applications of next-generation sequencing analysis for the detection of hepatocellular carcinoma-associated hepatitis B virus mutations. J Biomed Sci. 2018 Jun 2;25(1):51. doi: 10.1186/s12929-018-0442-4. Review. PubMed PMID: 29859540; PubMed Central PMCID: PMC5984823.  此篇為共同第一作者。
  4. Lin TC, Chiu YC, Chiu HC, Liu WC, Cheng PN, Chen CY, Chang TT, Wu IC. Clinical utility of hepatitis B surface antigen kinetics in treatment-naïve chronic hepatitis B patients during long-term entecavir therapy. World J Gastroenterol. 2018 Feb 14;24(6):725-736. doi: 10.3748/wjg.v24.i6.725. PubMed PMID: 29456411; PubMed Central PMCID: PMC5807675.
  5. Liu WC*, Wu IC, Lee YC, Lin CP, Cheng JH, Lin YJ, Yen CJ, Cheng PN, Li PF, Cheng YT, Cheng PW, Sun KT, Yan SL, Lin JJ, Yang JC, Chang KC, Ho CH, Tseng VS, Chang BC, Wu JC, Chang TT. Hepatocellular carcinoma-associated single-nucleotide variants and deletions identified by the use of genome-wide high-throughput analysis of hepatitis B virus. J Pathol. 2017 Oct;243(2):176-192. doi: 10.1002/path.4938. Epub 2017 Aug 17. Review. PubMed PMID: 28696069. 此篇為第一作者。
  6. Cheng JH, Liu WC, Chang TT, Hsieh SY, Tseng VS. Detecting exact breakpoints of deletions with diversity in hepatitis B viral genomic DNA from next-generation sequencing data. Methods. 2017 Oct 1;129:24-32. doi: 10.1016/j.ymeth.2017.08.005.Epub 2017 Aug 10. PubMed PMID: 28802713.
  7. Ho CH, Tsai HW, Lee CY, Huang LJ, Chien RN, Wu IC, Chiu YC, Liu WC, Cheng PN, Chang TT, Chen SH. Favorable Response to Long-term Nucleos(t)ide Analogue Therapy in HBeAg-positive Patients with High Serum Fucosyl-Agalactosyl IgG. Sci Rep. 2017 May 16;7(1):1957. doi: 10.1038/s41598-017-02158-5. PubMed PMID: 28512353; PubMed Central PMCID: PMC5434008.
  8. Cheng CP, Lan KL, Liu WC, Chang TT, Tseng VS. DeF-GPU: Efficient and effective deletions finding in hepatitis B viral genomic DNA using a GPU architecture. Methods. 2016 Dec 1;111:56-63. doi: 10.1016/j.ymeth.2016.07.020. Epub 2016 Jul 30. PubMed PMID: 27480381.
  9. Liu WC*, Lin CP, Cheng CP, Ho CH, Lan KL, Cheng JH, Yen CJ, Cheng PN, Wu IC, Li IC, Chang BC, Tseng VS, Chiu YC, Chang TT. Aligning to the sample-specific reference sequence to optimize the accuracy of next-generation sequencing analysis for hepatitis B virus. Hepatol Int. 2016 Jan;10(1):147-57. doi: 10.1007/s12072-015-9645-x. Epub 2015 Jul 25. PubMed PMID: 26208819; PubMed Central PMCID: PMC4722079. 此篇為第一作者。

 

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